云南近年来加大力度采取多项措施实施生物多样性保护工程，不断强化野生动植物保护及自然保护区建设，个别珍稀植物资源遭受严重破坏的情况得到有效遏制。
一是为推动自然保护区管理体制、人员编制、事业经费渠道、基本建设投入等事关自然保护区深入发展的重大问题的解决，云南省林业厅与省发改委、省财政厅、省编制委员会办公室联合开展了相关调研工作。
二是开展了对全省野生动物驯养繁殖产业的全面调研，基本查清了野生动物驯养繁殖产业的现状及影响产业发展的问题，为编制产业发展规划奠定了基础。
三是针对云南的情况，在普遍实施野生植物保护的同时，重点加强了对松茸、红豆杉、苏铁、兰科植物、古茶园的保护。松茸的保护管理已逐步依法规范，并在松茸人工促繁方面建立了一批基地县；红豆杉得到切实保护，并在帮助企业培育人工资源方面做了大量工作，资源培育产业正在稳步发展，一些重点专业户已具备相当的发展规模；苏铁保护项目正在实施；对兰科植物尤其是石斛的保护由于强化了依法管理，遏制了前几年石斛资源遭受破坏的情况，并且催生了一批培育人工资源的企业。
四是“林业持续发展一保护地区管理（GEF二期）”“中德合作云南热带林保护（GTZ）”“中荷合作森林保护与社区发展（FCCD）”、“中荷合作澜沧江生态系统和水资源保护研究”“东南亚地区非法猎杀大象监测（MIKE）”等一批国际合作的保护项目得以顺利实施，提升了保护管理水平。
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