水路交通建设重点：
沿海港口方面，强化上海国际航运中心和沿海主枢纽港口的建设，重点建设集装箱码头、大型专业化原油、铁矿石接卸码头；通过新建和技术改造使沿海港口适应货物的结构性变化和专业化、大型化、集约化的运输发展要求，积极推动部分老港区的功能调整；大力改善主要出海口航道及主要港口进出港航道的通航条件；相应发展地区性重要港口，适度建设地方中小港口，继续改善岛屿交通条件。
内河建设方面，重点分为三个层次，第一层次是水运主通道及主枢纽港口的建设，包括加快长江、西江两条出海通道、澜沧江跨境运输航道以及主要支线航道的建设；第二层次是连接水运主通道的重要支流和重要的地区性河流的航道以及地区重要港口建设；第三层次是效益显著的区间通航河流（段）及库区航运建设。
运输结构调整重点：
基础设施，重点调整沿海港口公用码头和货主码头结构，加强公用码头特别是大型专业化深水码头、集装箱运输系统和进出港航道建设；调整内河航道网结构，加快高等级航道建设。
远洋、沿海船舶要向大型化、专业化方向发展，重点发展大型散货船、大型油轮、集装箱船、滚装船、客滚船、液化气船。内河船舶通过调控总量，加快更新运力，重点发展内河自航船、顶推船队、江海直达船、集装箱船和滚装船，适度发展旅游客船，逐步淘汰技术落后的船型，向标准化、系列化和现代化方向发展。
要通过加快航运企业改革，建立比较完善的现代企业制度，以市场为中心转换经营机制，扩大经营规模，提高经济效益。要积极改革和调整经营方式和运输生产结构，组建跨地区、跨行业、跨所有制和跨国经营的大型企业和企业集团，努力实现“船舶大型化，船队专业化、企业经营集约化、内河船舶标准化”，基本建立统一开放、竞争有序的水运市场体系。
在旅客运输组织方面，要加快实现常规客运向旅游化、高速化、客滚化、区域化方向发展，积极发展陆岛运输、旅客联运。在货物运输组织方面，要大力发展国际、沿海、内河集装箱运输，鼓励干线运输，推进内支线运输，不断提高集装化水平。重视冷藏货物、危险货物、滚装货物和特种货物运输系统的建设，推进货物运输向专业化、集约化以及最终建成现代物流的方向发展。
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