南水北调总体规划充分考虑了这项特大水利工程的生态保护和污水治理等问题，把南水北调工程建设成为一项生态工程是完全可能的。
水利部副部长张基尧说，南水北调工程生态环境保护规划重点研究了东线第一期工程和中线第一期工程对长江口海水入侵影响、中线工程对汉江中下游生态环境的影响以及东线治污规划。分析论证表明，南水北调工程兴建的生态环境因素是完全可以妥善解决的。
张基尧说，长江口海水入侵问题是因潮汐活动所致、长期存在的自然现象，也受到人类活动的影响。从三条调水线路的情况分析，西线、中线工程由于有三峡工程、洞庭湖、鄱阳湖等一系列水库和湖泊的调节，对长江口海水入侵影响不大。东线工程通过采取工程措施和非工程措施，加强水资源的统一管理和长江口的综合治理，可基本消除对长江口海水入侵的不利影响。
长江三峡工程建成运行后，在每年1月至4月的枯水期，长江下游流量将增加1000立方米每秒到2000立方米每秒，从而可在较大程度上降低枯水期长江入海口海水入侵的可能性。
南水北调中线工程对汉江中下游的影响，可以通过兴建引江济汉工程、兴隆枢纽、部分闸站改造、局部航道整治四项汉江中下游治理工程，改善灌溉、航运和生态用水条件，减少这种不利影响，并将其控制在生态环境可承受的范围内。
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