一、总体规划的指导思想、目标和原则
（一）指导思想
南水北调工程是解决我国北方水资源严重短缺问题的特大型基础设施项目，建设的目的是通过跨流域的水资源合理配置，保障经济、社会与人口、资源、环境的协调发展。南水北调工程总体规划，要按照“先节水后调水、先治污后通水、先环保后用水”的原则，彻了“从长计议、全面考虑、科学选比、周密计划”的方针，遵循水资源的自然规律和价值规律，正确处理跨流域调水与节水、治污和生态环境保护的关系，以水资源合理配置为基本依据，以生态建设和环境保护为根本目标，以提高用水效率为核心，统筹考虑调水区和受水区的生活、生产和生态用水，进行多方案的科学选比，合理确定南水北调工程的调水规模、总体布局和实施方案，构建适应社会主义市场经济要求的工程建设管理体制和水价形成机制，实现经济效益、社会效益和环境效益的统一，以水资源的可持续利用保障国家经济社会的可持续发展。
（二）规划目标
1．规划水平年
以2000年为现状水平年，2010年为近期规划水平年，2030年为中期规划水平年，对2050年进行远景展望。工程总体规划以2010近期规划水平年为重点。
2．规划目标
到2010年，基本缓解黄淮海平原和胶东地区城市严重缺水状况。工程的供水目标以城市供水为主，兼顾农业和生态用水，有效控制地下水超采和保护水资源，初步建立节水防污型城市，基本遏制因缺水引起的生态环境恶化趋势。
到2030年，基本缓解黄河上中游和河西走廊等重点地区的严重缺水状况，基本遏制因缺水引起的生态环境恶化的趋势。在黄淮海平原和胶东地区，进一步提高城市供水保证率，初步建立节水防污型社会，生态环境得到明显改善。
到2050年，基本实现黄淮海流域和西北内陆河地区的水资源的承载能力与经济社会可持续发展相适应，生活、生产和生态的缺水问题得以基本解决，全面建立节水防污型社会。
（三）规划原则
编制南水北调工程总体规划，遵循以下原则：
1．正确处理跨流域调水与节水、治污和生态环境保护的关系
2．以水资源的合理配置为基础，确定工程的调水规模和总体布局
3．本着既积极又慎重的精神，制定工程建设的分期实施方案
4．中央与各受益地区共同分担工程建设投资
5．建立适应市场经济的工程建设管理体制和水价形成机制
6．坚持民主论证，科学比选 二、工程效益
南水北调工程利用南方地区的水资源优势，增强北方地区的经济优势，有利于提高受水区水资源与水环境承载能力，改善资源配置效率，促进经济结构的战略性调整，遏制并逐步改善日趋恶化的生态环境。同时，对于拉动内需、扩大就业也将具有重要作用，有利于地区间经济社会的协调发展。
（一）经济与社会效益
1．为可持续发展提供了水资源保证
实施南水北调工程，可基本缓解北方水资源供需紧张局面，对经济社会可持续发展和改善生态环境都将起到巨大的作用。
南水北调工程的建设将有利于利用南方地区水资源优势增强北方地区的经济优势；有利于提高受水区的水资源与水环境承载能力，增加经济发展的后劲；有利于遏制并逐步改善日益恶化的生态环境；有利于地区间经济社会和生态的协调发展。随着影响经济发展的水资源瓶颈的逐步消除，受水区对生产要素的吸引能力将大大增强，而生产要素流动的加快，又将有利于资源配置效率的改善和经济结构调整目标的实现。
2．直接拉动经济增长
国务院发展研究中心的最新研究成果表明，按照10年建设期进行初步估算，南水北调工程近期投资将平均每年拉动我国国内生产总值增长率提高0.12个百分点。此外，工程投资对经济增长的影响将通过乘数效应进一步扩大。实施南水北调工程可以相应增加工程建设设备和建筑材料等产品的需求，进一步刺激相关上游产业和关联产品的发展。经验表明，投资中有40%可转化为消费，南水北调工程的建设对扩大内需具有双重拉动作用。
3．促进受水区产业结构调整
南水北调工程的建成通水，一方面可使北京、天津、石家庄、济南等北方近百座大中城市摆脱缺水的制约，为经济结构调整包括产业结构、地区结构调整创造机会和空间。另一方面，通过工程的实施，还可以促进水价机制的改革，发展节水型农业、节水型工业、节水型服务业，建设节水型城市和节水型社会，使受水区特别是西线受水区的资源优势得到充分发挥，有利于促进新的生产力布局的形成。
4．扩大就业机会
南水北调工程的建设将有助于缓解就业压力。在工程建设期，巨额的投资不仅可直接吸纳数量可观的劳动力就业，而且随着相关产业的连带发展会创造更多的就业机会。工程建成后的运行期，随着广大受水区水资源条件的改善，经济社会发展后劲的增加，土地和矿产资源将有新的开发价值，企业生产结构和规模也会随之变化，一些新兴产业将得到迅速发展，扩大就业的机会将进一步增多，可创造更多的劳动力就业机会。
5．有利于推进城市化进程
目前，由于受水资源短缺的制约，黄淮海流域城市化进程缓慢，城市化水平低于全国平均4个百分点。改善水资源条件是我国北方城市化发展的重要前提条件和关键措施。实施南水北调工程为提高黄淮海流域城市化水平提供了可靠的水源保证。
6．有利于缓解农业和农村居民的用水问题
南水北调工程的直接和间接受益区，是我国小麦、棉花、油料、烟草等多种经济作物的重要产区。目前由于城市用水挤占农业用水的现象日趋严重，农业生产长期受干旱缺水的威胁和影响，农业优势得不到充分发挥。虽然南水北调工程近期主要不是直接向农业供水，但可以通过增加向沿线城市工业、生活的供水，将工业、生活长期挤占的低价的当地水偿还于农业；并可向农民提供优质水，使其改善饮水条件，提高生活质量，保障人民身体健康。
（二）国民经济效益
南水北调工程实施后产生的国民经济效益，主要包括工业和居民生活供水效益、农业供水效益、防洪效益、航运效益、排涝效益和生态环境效益等。
按2000年底的价格水平对其国民经济效益进行的初步分析表明，南水北调东线第一期和中线第一期工程实施后，多年平均直接经济效益约为553亿元/年。根据工程的投资、运行费用和经济效益分析，南水北调工程近期实施方案的经济内部收益率大于12%，经济净现值大于零，经济效益费用比大于1。
1．工业及居民生活供水效益
实施东线第一期工程和中线第一期工程后，主要向沿线城市工业及居民生活供水。采用国内供水工程规划设计中常用的分摊系数法计算工业及居民生活供水效益，结果表明，受水区城市工业及生活多年平均供水效益为536亿元/年。
2．防洪效益
中线第一期工程丹江口水库大坝加高后，可增加防洪库容33亿m3，与非工程措施和中下游防洪工程相配合，可使汉江中下游地区的防洪标准由目前的20年一遇提高到100年一遇，大大减轻了洪灾损失。根据有关洪灾损失调查资料计算分析，多年平均防洪经济效益为6.5亿元/年。
3．航运效益
南水北调东线第一期工程实施后，京杭运河扬州～济宁段的通航条件将有较大改善，航运保证率大大提高，初步估算航运效益为3.5亿元/年。
4．农业供水效益
南水北调东线第一期和中线第一期工程直接增供农业用水16亿m3，可使低保证率的缺水农田得到有效灌溉，并可在水资源较丰沛地区适当发展新的灌溉面积，为保证粮食生产提供良好的水资源条件，多年平均的供水效益为6.2亿元/年。
5．除涝效益
南水北调东线第一期工程所建泵站可结合排涝，增加排涝面积6,800km2(其中耕地716万亩)，使其排涝标准由不足3年一遇提高到5年一遇以上。初步估算多年平均除涝效益为0.6亿元/年。
（三）生态环境效益
南水北调工程的实施，将较大地改善黄淮海平原地区的自然环境，特别是提高受水区水资源与水环境承载能力，对实现受水区的可持续发展具有重要的战略意义。工程实施后，通过对水资源的严格管理，可以有效遏制地下水位的下降，对地面沉陷等环境地质问题的缓解起到重要作用。同时，随着受水区一些河道常年输水，大部分湿地可得到正常的补给，有利于回升地下水位和保护生物多样性，不仅可以缓解生态环境恶化的趋势，还可以增加地下水资源的战略储备，为我们的子孙后代留下宝贵的发展空间。
南水北调工程的实施，将逐步修复黄淮海平原地区的自然生态环境，恢复部分湿地，遏制水土流失，有利于改善并不断恢复地表植被，降低大气降尘量，减少北方沙尘暴的发生几率。
三、南水北调工程建设与管理体制
（一）建设与管理体制规划原则
南水北调工程属于跨流域配置水资源的供水工程，其建设与管理体制，既不能沿用计划经济体制下的“政府建设，用水户无偿用水”，也不能采用完全市场化的“市场配置”，而是要积极探索和逐步建立水的“准市场”配置机制和管理体制，遵循水资源的自然规律和价值规律，明析产权，有促进节水治污和加强水资源统一管理，以达到适应社会主义市场经济体制要求的目的。建设和管理体制的具体构建原则为：
1．有利于加强政府的宏观调控，实现水资源的优化配置。
2．有利于建立“还贷、保本、微利”的水价形成机制，确保工程的良性运营，促进建立节水防污型社会。
3．有利于建立产权明晰的现代企业制度，依法协调各方的利益关系。
4．有利于建立民主协商和用水产广泛参与的制度，逐步完善“准市。场”的水资源配置机制。
5．有利于贯彻执行国家基本建设的法规和政策。
（二）建设与管理体制总体框架
南水北调主体工程建设与管理体制将按照“政府宏观调控、准市场机制运作、现代企业管理、用水户参与”的思路进行构建。
1．政府宏观调控
南水北调工程将为国家实施可持续发展战略服务，不仅有利于合理调整生产力布局，增强经济发展后劲，而且有利于生态建设和环境保护。因此，工程的投资主体将是各级政府。国内外的实践经验表明，在规划、建设和管理如此重大的特大型水利基础设施项目中，发挥政府在制定水资源合理配置方案、协调调水区和受水区的利益关系、处理调水与防洪排涝的关系、合理配置调水与当地水以及生活、生产、生态用水的关系、妥善安置移民、制定合理的水价政策、促进节约用水和防治水污染等方面的宏观调控作用至关重要。
2．准市场机制运作、现代企业管理
在加强政府宏观调控的前提下，南水北调工程的建设与管理体制按“准市场”的机制运作，按现代企业制度管理，充分发挥市场机制在控制工程投资、降低运营成本、提高用水效率、促进节水治污等方面的作用。
南水北调主体工程的资本金，由中央政府和地方政府出资建立。中央政府和地方政府都将授权代表组成董事会，由董事会组建有限责任公司作为项目法人，建立法人治理结构，负责资产运营管理。根据调水沿线地方政府所承诺的需调水量，核定资本金额度。各出资方根据其在公司中所占的股权，享有相应的所有者权益并承担有限责任。
采用上述的政府调控与市场机制相结合的投资体制和运行机制，既可以保证工程发挥应有的社会效益和环境效益，又可以明晰投资方的产权关系，保障所有者权益。
3．用水户参与
南水北调主体工程的用水户，基本是受水区内的城市。有关地方政府既是出资人，也是直接受益的“用水户”。因此， 以省（直辖市）为单位的用水户将共同参与董事会等有关机构的工作。由于各出资方的利益均建立在南水北调工程效益的基础上，必将关心工程的成败与项目的运行，促使各方努力提高南水北调工程的效益，形成“利益共享、风险共担”的机制。
4．总体框架
南水北调工程是特大型水利基础设施，工程规模大、建设期长，既跨流域，又跨省市，不仅总投资超过三峡工程，其复杂性和艰巨性也不亚于三峡工程。经过反复分析论证，工程建设与管理体制总体框架分为三个层次：
第一层次：国务院南水北调工程领导小组。由国务院领导以及有关部门、省（直辖市）政府负责同志参加。领导小组主要负责制定南水北调工程建设、运营管理的有关政策，并协调工程建设与管理的重大问题。
第二层次：领导小组办公室。由有关部门人员组成，负责日常工作，直接对领导小组负责。
第三层次：项目法人。实行政企分开、政事分开，按照现代企业制度组建南水北调项目法人，由项目法人对工程建设、运营、管理、债务偿还和资产保值增值全过程负责。
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