为了缓解以京津为中心的环渤海湾地区的资源型缺水，南水北调东线和中线已相继开工。但调水后的水价问题引起了人们的关注。关于南水北调的水价问题，我个人的看法：一是南水北调对北方地区是补水性质，即当地水源是主体，调入水是辅体，调入水与当地水必须合并统筹安排混用；二是调水的重点是补工业和生活用水，兼顾生态环境用水；三是南水北调调水进入各受水区，由于调水距离和调入水量的不同，其调水成本是不一样的。
南水北调要运用市场经济规律和经济杠杆运作，水价和相关收费必须由水行政主管部门会同价格行政主管部门和经营者一起，根据国家的宏观经济政策共同制定，在价格和收费制度上，水行政主管部门要有决策权和否决权。新《水价办法》的出台对水资源的合理开发、优化配置、高效利用和有效保护提供了新的契机。
因此，在建立南水北调水市场的进程中，必须注意以下几个问题。
一是必须有法律的支撑和保障。但目前中国的法律法规还不够健全、完善。按照市场经济的一般规律，运用经济杠杆调节价格，往往不利于低收入的行业和低收入的人群，如果没有相应的法规保障就可能对第三方带来负面影响。
二是中国的大部分水利基础设施的建设，农民都有投入，目前计算的水价没有将这部分纳入成本中。大家都很关注如何建立水市场，但工业和城市生活用水运用市场经济调整水价，其水价提高的收益，农民并未从中受益。在水市场形成和建立过程中应当研究对农民的经济补偿问题，这种补偿的方式，国家可以采取其他形式的补偿措施。
三是中国要建立水市场，不能简单地与国外对比仿照，要考虑中国的特色。事实上每一个国家对不同特性的行业实施的是不同的经济政策。对公益性、半公益性事业，国家都给予不同的支持与补贴。一般地说，国家对防洪几乎承担全部投资和维护管理费；国家对灌溉和生活用水费给予照顾或补贴，对工业用水则按供水成本加盈利。这种经济政策在世界各国是带有共性的。
四是加强需水管理，运用水价作为经济杠杆进行调节，可以提高水的利用效率。黄淮海地区目前水价差别较大，利用地下水的井灌区一般不收水费；而利用地表水的灌区仅个别自然条件优越、管理又较好的，水价适当可使费用回收，既保证了灌溉工程的维护，又促进了用水的节约。但大部分地区水价都较低，远远达不到供水成本。
从分析来看，有许多理论和实践问题需要进行深入调查和研究，特别是尽快制定相关的法规和政策。
一是水利设施，特别是大型水利设施所有权要界定清楚，所有权不界定会引起水事纠纷，尤其是“永久性用水权”的转让，允不允许转让永久性用水权，从理论上要进行研究。
二是所有权确定后，按照“资源共享原则”应当确定分水方案，在没有确定分水方案之前，经过批准的原规划设计是否应作为分水的依据，按照这个依据去研究水权转让问题。
三是要分析当年兴修工程投资的来源和组成，研究资源共享和受益权的分配和转移问题，绝不可忽视这类问题，否则会留下很多的后遗症。
四是水权转让要对其内涵定位，转让方式和相应的经济政策都应当尽快研究制定。要预防和避免用水权按照价值规律，由低向高转移。
五是建立水市场必须要在明确产权的基础上，按照现代企业制度，坚持政府宏观调控，股份制运作，企业化管理，用水户参与的原则。建议水权转让要在改革中逐步深入。
六是要按照不同的用水行业、不同的社会事业类型，以及不同性质的产业，建立与社会主义市场经济体制相适应的水市场运行机制。
七是水资源在一定条件下是可以循环利用和更新再利用的，要研究水资源再利用的补偿机制和相应的经济政策。
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