随着农资市场的开放，供销社多年来在农村牧区的垄断地位逐步被瓦解。为了在新形势下更好地为“三农”服务，近年来，内蒙古自治区供销社系统对基层组织进行了创新，并且改造和整合了传统经营服务网络，在推进农村牧区流通现代化进程中又开始发挥积极的作用。
基层供销社是实现为农民服务功能的基本环节，也是多年来供销社工作的薄弱环节。2004年，全区供销社系统对基层社的体制和结构进行了创新。以“民办、民管、民受益”为原则，他们允许重组社可以采取合作制、股份制、租赁承包等多种模式，并建立了按资分配与按劳分配相结合的利益分配制度，从体制上解决了合作社与农牧民相结合的问题。全区供销社系统还实行了“开放办社”，通过资金入股、业务合作等方式吸纳各类中介组织、专业大户，在一定区域内形成了一个为农服务联合体。
在对480个基层社进行重组后，全区供销社系统对传统经营服务网络进行了改造和整合，使农资、农畜产品和日用消费品连锁经营服务网络得到了拓展，极大地方便了农牧民的生产和生活。2004年，自治区农资公司以“内蒙农资”为品牌，共发展加盟终端网点250个，优质化肥供应量占到全系统的70%以上。赤峰、包头等盟市供销社还以现有日用消费品企业为基础，整合系统内分散的商场、贸易市场，加入了全国总社“新合作”日用消费品网络。
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