中国海关以促进“五通”为目标，以重点项目为抓手，大力推动与沿线国家（地区）海关开展形式多样的务实合作，提升“一带一路”沿线国家互联互通和贸易便利化水平。其中，中国与欧盟AEO（认证经营者）互认后，中国近3000家AEO认证企业出口到欧盟的货物，均可以享受到和对方境内AEO认证企业一样的通关便利，据估算，通关平均查验率降低约50%，通关速度提高30%以上。
2014年以来，中国海关先后与俄罗斯、欧盟、蒙古国、哈萨克斯坦、白俄罗斯等海关共计签署82份海关合作文件，适用51个国家和地区，推进“三互”国际海关合作，为“一带一路”沿线海关合作提供法律依据与机制化保障。
中国海关大力支持中欧班列发展，通过与哈萨克斯坦、波兰等国家海关签署或达成便捷通关合作文件和共识，并直接与有关国家海关协调，降低班列通关成本。中哈“哈巴克图—巴科特口岸”的绿色通道开通两年来，农产品的通关时间缩短了90%。
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