国家南水北调工程东线源头位于扬州，民进扬州市委对水源地输出的水质是否满足国家标准进行调研，发现存在不少问题，已引起了江苏省政府省政协的高度重视。
全国政协常委、江苏省政协副主席陈凌孚告诉记者，南水北调东线源头水质主要受两方面影响。第一方面是长江干流扬州段接纳的上游来水的污染，这对扬州市自来水水源已构成了威胁。第二方面是扬州市生成的水污染物对水源区水质污染。其主要表现为：1．工业污染是造成水质污染的主因；2．水源区湿地和河道遭到破坏；3．生活污染的迅速上升加重了水质污染。如2000年，扬州市区生活污水中COD排放量占市区COD总排放量的70％，随着城镇化进程加快，水质污染将更加严重；4．农业生产和畜禽水产养殖是造成水体污染的重要因素。据测算，农业生产中使用的氮肥约有30％～60％进入了水体，大量的化肥、农药随地表流入河流体系，引起水体富营养化和毒素增多；5．江都市尾水排放不畅，也是造成水源区水质污染的原因之一。
陈凌孚委员对此提出了一些建设性建议，他说要加强生态和水质保护，使南水北调的水质不受污染。首先要高标准编制《水源区生态环境保护规划》，调整工业园区布局，控制园区规模，加强集中治污。其次是进一步调整和加强沿江开发总体规划中的生态环境保护规划。第三是建立沿江尾水排放通道。第四是共同重视水源保护区管护机构建设，改善目前保护区管理松散的状况。
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